એમના આશ્રમમાં એકલી નિર્ગુણ ધ્યાનપદ્ધતિનું જ પ્રતિપાદન કરવામાં આવતું ને બીજી ધ્યાનપદ્ધતિ નહોતી ચાલતી એવી કેટલાક લોકોની માન્યતા પણ તદ્દન નિરાધાર છે. નિર્ગુણ અથવા નિરાકાર બ્રહ્મની ઉપાસના એ સાધકનું અંતિમ ધ્યેય છે એ સાચું છે, પરંતુ એ પણ એટલું જ સાચું છે કે એ ધ્યેય તરફ પ્રયાણ કરવાનું કામ સૌને સારુ એકસરખું સહેલું નથી હોતું. સાધકોનો એક વિશાળ વર્ગ સગુણ-સાકાર ધ્યાનની પદ્ધતિને જ વિશેષ પસંદ કરે છે, અનુકૂળ લેખે છે અને અપનાવે છે. એમને પણ સાધનાત્મક માર્ગદર્શનની આવશ્યકતા હોય છે. એ હકીકતની અવજ્ઞા ના જ કરી શકાય. મોટા ભાગના સાધકોને માટે ધ્યાનની નિર્ગુણ સાધનામાં પ્રવેશવાનું અને આગળ વધવાનું કામ ખૂબ જ કપરું હોય છે. એ સગુણ-સાકાર ધ્યાનનો આશ્રય લઈને જ આગળ વધી શકે છે. મહર્ષિ એ વાસ્તવિક્તાને સમજીને એનો સ્વીકાર કરતા અને એવી રીતે ધ્યાન કરવાની છૂટ આપતા. એવા સાધકો પોતપોતાની રુચિ, પ્રકૃતિ તથા પદ્ધતિ પ્રમાણે કોઈ મૂર્તિ, જ્યોતિ કે ચિત્રને સામે રાખીને ધ્યાન કરી શકતા. કેટલાક સાધકો મનપસંદ ઈષ્ટદેવ કે દેવીમાં વિશ્વાસ રાખતા ને એમની અભિરુચિને અનુસરીને જુદા જુદા જપ કરતા. કોઈ સ્વાધ્યાય કરતા, કોઈ પૂજાપાઠમાં પ્રેમ રાખતા, તો કોઈ કર્મયોગનો આધાર લઈને આગળ વધતા. એ મહાપુરૂષની સુખદ સંનિધિમાં સૌ જીવનના અંતિમ આદર્શની પ્રેરણા મેળવતા હોવા છતાં પોતપોતાની રીતે સગુણનિર્ગુણ આરાધનાનો આધાર લઈને વિકાસ કરતા. વિકાસ જ સૌનું મુખ્ય કર્તવ્ય મનાતું અને એની ઉપર જ ભાર મૂકવામાં આવતો.

એટલા માટે તો મહર્ષિએ ભક્તિની સાધનાનું ને મૂર્તિપૂજાનું પણ સમર્થન કરેલું. ઈ.સ. ૧૯૨૫માં સેલમના વકીલોની મંડળી તિરુપ્પુગલ નામે અરૂણગિરિનાથની રચેલી સુબ્રહ્મણ્યમની સ્તુતિ ગાતી એમના દર્શને આવેલી. એ મંડળીમાં શ્રી તિરુપ્પુગલ સ્વામીજી પણ આવેલા. એ બધા ભક્તોના અંતરમાં અને અંગેઅંગમાં ભક્તિભાવના ફુવારા ફૂટતા’તા. તિરુપ્પુગલ સ્વામીનો અનુરાગપૂર્ણ અભિનય સૌ કોઈના મનને મુગ્ધ કરે તેવો હતો. મહર્ષિએ એ બધા ભક્તોની ભાવનાને વધારે વિશદ તથા દૃઢ કરવા એ સુંદર સ્તુતિનો અર્થ કરી બતાવ્યો. એ અર્થથી ભક્તોની ભાવનાને મદદ મળી.

એ મંડળીના એક વકીલે પૂછ્યું :

‘ગાયત્રી મંત્રના જપથી લાભ થાય છે ?’

‘જરૂર થાય જ છે, પરંતુ સૂર્યના બિંબને ધ્યાનનો વિષય બનાવીને સાધના કરવાથી વિશેષ લાભ થાય છે. એવા ધ્યાન વખતે ‘નમસ્સવિત્રે જગદેકચક્ષુષે’ મંત્રનો આધાર પણ લઈ શકાય છે. એવી રીતે ધ્યાન કરવાથી ક્રમે ક્રમે આગળ વધતાં સાધકનું મન ધ્યેય પદાર્થમાં મળી જાય છે ને સાધકનું પરમ કલ્યાણ થાય છે. મન ધ્યેય પદાર્થમાં મળી જતાં એ અનુભવી શકે છે કે જે ધ્યેય પદાર્થને સીમિત સમજવામાં આવે છે તે તો અસીમ અથવા અનંત અને અરૂપ છે. શરૂઆતની સગુણ કે સાકાર ઉપાસના એવી નિર્ગુણ રીતે નિરાકારની અનુભૂતિથી અલંકૃત બનીને સંપૂર્ણ થાય છે ને સાર્થક ઠરે છે.’

એક બીજા અવસર પર મદુરાના એક પ્રતિષ્ઠિત વકીલે એમને શુદ્ધ જીજ્ઞાસાવૃત્તિથી પ્રેરાઈને પ્રશ્ન પૂછ્યો :

‘શિવ તથા બીજા દેવોની વાતો શું સાચી છે ? એ ખરેખર અસ્તિત્વ ધરાવે છે ?’

એમણે ઉત્તર આપ્યો :

‘અવશ્ય.’

વકીલે પૂછ્યું :

‘એ પણ આપણા જેવા જ હોય તો પ્રલયકાળ વખતે વિનાશને પ્રાપ્ત થાય છે ખરા ?’

‘તમે આત્મજ્ઞાનની પ્રાપ્તિ કરીને મુક્તાવસ્થાની પ્રાપ્તિ કરી શકો છો ને કાળના સ્વામી કે શાસક થઈને અવિનાશી પરમપદને પામી શકો છો, તો પછી શિવાદિ દેવો તો તમારાથી અનેકગણા ઉત્તમ છે. એ જ્ઞાની કેમ ના હોય અને અને અવિનાશી બ્રહ્મપદના ભાગી પણ કેમ ના બને ? ’

અમૃતનાથે પણ એવો જ બીજો પ્રશ્ન પૂછેલો :

‘વર્તમાન સમયમાં અસાધારણ શક્તિસંપન્ન સિદ્ધપુરૂષો છે ખરા ? અને જો હોય તો શિવાદિ દેવોની પેઠે શાપ અથવા વરદાન આપી શકે છે ?’

મહર્ષિએ એના ઉત્તરમાં કહેલું :

‘વર્તમાન સમયમાં પણ એવા સિદ્ધપુરૂષો છે અને શાપ તથા વરદાનની શક્તિ ધરાવે છે.’

એમના એ પ્રત્યુત્તર પરથી એમની સ્વાનુભવપૂર્ણ સાધનાત્મક દૃષ્ટિને સમજવામાં મદદ મળે છે. એ દૃષ્ટિથી પ્રેરાઈને એ શિવના ઉપાસકોને સહાનુભૂતિપૂર્વક જોતા અને એમની ઉપાસનામાં ઉત્સાહિત કરીને એમની વિલક્ષણ રીતે મદદરૂપ બનતા.

 જે હકીકત શિવના સંબંધમાં લાગુ પડતી તે રામ, કૃષ્ણ, જગદંબા તેમજ બીજાના સંબંધમાં પણ સાચી ઠરતી. મહર્ષિ એ સૌનો આદર કરતા ને કહેતા કે એમની ઉપાસનાનો અનુરાગ, અનન્ય ભક્તિભાવ અને વિવેકપૂર્વક આધાર લેવાથી નિર્ગુણ અનુભૂતિના આગળના પ્રદેશમાં સહેલાઈથી પહોંચી શકાય છે.

 મહર્ષિના અસંખ્ય પ્રશંસકો ને ભક્તો બીજા કોઈને નહિ પરંતુ એમને જ પોતાના ઈષ્ટ અથવા ઉપાસ્ય સમજતા ને માનતા કે પરમાત્માની સર્વોત્તમ શક્તિ અનેકના આધ્યાત્મિક અભ્યુત્થાનને માટે એમના રૂપમાં મૂર્તિમંત અથવા પ્રકટ થઈ છે. એવી શ્રદ્ધાભક્તિ યુક્ત માન્યતાથી પ્રેરાઈને એ એમનું ધ્યાન ધરતા અને એમની સેવાપૂજાનો આશ્રય લેતા. એ મહાપુરૂષને પોતાની સેવાપૂજા અથવા પોતાનું ધ્યાન થાય એ જરા પણ પસંદ નહોતું. છતાં પણ ભક્તોની ભાવનાની આગળ એ લાચાર હતા. કેટલાક ભક્તો એમની છબીની પૂજા કરતા અને એમનાં એક સો આઠ નામોનો પાઠ કરીને શાંતિ મેળવતા. મહર્ષિ એમને પરમાત્માભિમુખ કરવાનો અને એમની ભાવના, વિચારસરણી તથા લાગણીને વિશુદ્ધ તેમજ ઉપકારક કરવાનો પ્રયાસ કરતા ખરા, પરંતુ એની ઉપર કઠોર બનીને કુઠારાઘાત ના કરતા. એ શ્વેતાશ્વતર ઉપનિષદનો આધાર લઈને સમજાવતા કે દ્દગ્દૃશ્ય ભેદની નિવૃત્તિ નથી ત્યાં લગી ગુરૂ અને શિષ્યનો ભેદ તેમજ સંબંધ કાયમ રહે છે. એ દશામાં શિષ્ય આત્મવિકાસમાં મદદ મેળવવા માટે ગુરૂની જુદી જુદી રીતે મદદ મેળવે છે. તો પણ ગુરૂને ઈશ્વરરૂપ માનવાથી અથવા પરમાત્માના પ્રતિનિધિરૂપ સમજીને સેવવાથી સાધકનું શ્રેય સધાય છે. એણે પોતાની ભાવનાને હમેશાં ઉચ્ચ અને ઉપકારક રાખવી જોઈએ.

પેરુમાલ સ્વામી મહર્ષિ પ્રત્યે પરમ શ્રદ્ધાભક્તિ રાખતા. એ શ્રદ્ધાભક્તિથી પ્રેરાઈને તિરુવણ્ણામલૈમાં એમણે એમની પ્રતિમાની પ્રતિષ્ઠા કરવાનો વિચાર કર્યો. એમને લાગ્યું કે એથી અનેક ભક્તો કે સાધકોને મદદ મળશે. પ્રતિમા–પ્રતિષ્ઠાની એ સમસ્યા નવી ને નાજુક હોવા છતાં પેરુમાલ એ માટે કૃતનિશ્ચય હતા. મહર્ષિએ એમનો વિરોધ ના કર્યો. કારણ કે પેરુમાલની અને એમના જેવા બીજા અનેક ભક્તોની ભાવનાને એ સમજી શક્યા. એ રીતે પણ એમને મદદ મળતી હોય તો એ મદદની વચ્ચે આવવાની ઈચ્છા એ ના કરી શક્યા. પેરુમાલ સ્વામીએ અતિશય પ્રેમ તથા પૂજ્યભાવથી એમની પ્રતિમા તૈયાર કરાવી. એને તૈયાર કરનાર નાગપ્પાજી પણ પ્રેમભક્તિથી સંપન્ન હોવાથી એ ખૂબ જ સુંદર બની. પછી તો શહેરમાં એની સ્થાપના કરવામાં આવી.

તો પણ મહર્ષિ પોતાના સ્થૂલ શરીરની પૂજાને કદી કોઈ પણ સંજોગોમાં પસંદ ના કરતા. એને માટેનો એમનો વિરોધ અવિચળ રહેતો. કેટલાક લોકો એમના શરીરને શણગારવાની, પૂજવાની, એમની આગળ ધૂપદીપ કરવાની, એમની આરતી ઉતારવાની, એમની સમક્ષ નાળિયેર વધેરવાની અને એવી બીજી ઈચ્છાઓની પૂર્તિ કરવાની આકાંક્ષા રાખતા, પરંતુ એ એમનો મક્કમતાપૂર્વક વિરોધ કરતા. એ પોતાને મંદિરની સજીવ મૂર્તિ જેવા નહોતા માનતા અને એવી રીતે કોઈ માને તે પ્રત્યે અણગમો બતાવતા.